Pada tahun 2205, seorang pertapa yang dikenal sebagai Saniwa memiliki kemampuan untuk memberi kehidupan ke benda mati. Pada saat yang sama, kekuatan gelap telah memulai rencana untuk melakukan perjalanan kembali dalam waktu dan mengubah jalannya sejarah dan satu – satunya yang mampu menghentikan mereka adalah Saniwa dan  pedang Jepang bersejarah, dalam bentuk pemuda tampan . Touken Ranbu: Hanamaru berfokus pada kehidupan Yamatonokami Yasusada, uchigatana tercinta milik Souji Okita, karena ia mulai hari pertamanya di benteng Saniwa ini. Segera setelah bergabung kembali dengan teman lamanya, Kashuu Kiyomitsu, keduanya terjebak dalam keseharian prajurit pedang sesama mereka. Mereka tidak pernah melewatkan kesempatan untuk bersenang-senang, apakah itu melalui perkelahian bola salju atau memperkenalkan rekan terbaru mereka ke benteng. Tentu saja, ketika pemerintah memanggil, mereka selalu siap untuk memenuhi misi mereka untuk melindungi sejarah