Awal dari Eyeshield 21 menceritakan seputar seorang remaja laki-laki lemah bernama Sena Kobayakawa yang memasuki sekolah pilihannya, SMA Deimon, di mana juga merupakan sekolah teman masa kecilnya, Mamori Anezaki yang diterima tahun lalu. Kemampuan fisik Sena yang berada di atas rata-rata hanyalah berlari, dikarenakan saat kecil ia sering disuruh dan dikerjai teman sebayanya yang nakal untuk dibelikan ini-itu dalam waktu singkat. Bakatnya itu ditemukan oleh quarterback tim American football sekolah itu, Youichi Hiruma. Ia menipu dan memaksa Sena yang polos itu hingga akhirnya bergabung dengan timnya yang saat itu hanya terdiri dari dua orang, Deimon Devil Bats, dan ditempatkan pada posisi running back.

Untuk melindungi identitasnya agar tidak direkrut klub lain karena kecepatannya, Sena juga berperan sebagai sekretaris klub, dan mengikuti pertandingan sambil mengenakan helm dengan pelindung mata berwarna hijau untuk menyembunyikan identitasnya, digunakanlah nama ‘Eyeshield 21’.